sirna設計網站

1、知不知道有哪些在線設計siRNA的網址

發物種，基因名至[email protected]即可
On-line tools for designing RNAi probes Design tool
Reference
-->Ambion siRNA Target Finder Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Dharmacon siDesign Reynolds A, Leake D et al.
-->Clontech siRNA designer Elbashir SM, Lendeckel W et al.
-->DEQOR Henschel A, Buchholz F et al. EMBOSS SIRNA Elbashir SM, Harborth J et al. siRNA design Yiu SM, Wong PW et al. https://www.genscript.com/ssl-bin/app/rnai Wang L, Mu FY.
-->IDT siRNA design Parrish S, Fleenor J et al. Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Interagon Saetrom P.
-->siRNA at Whitehead Yuan B, Latek R et al. Invitrogen BLOCK-iT(tm)
-->T7 RNAi Oligo Designer Dudek P, Picard D. siDirect Naito Y, Yamada T et al. siSearch Chalk AM, Wahlestedt C et al.

2、什麼是control siRNA

control就是對照的意思 就是對照的小干擾RNA 它沒有干擾目的基因的作用,設計的時候人們一般會設計一個亂序的非特異性的干擾RNA 來做對照組 。就是指做對照用的siRNA,一般是一段隨機序列,不會與DNA結合,不會影響DNA的轉錄,也就不會下調基因表達,一般算作陰性對照。

3、siRNA有哪些設計？

以前人們一般應用較長的dsRNA作為基因沉默的工具，但後來發現長鏈dsRNA特異性較差。它不僅可激活RnaseL，導致非特異性RNA降解，而且還能激活依賴於dsRNA的蛋白激酶R（protein：kinase：R，PKR），PKR可磷酸化翻譯起始因子e：IF2並使其失活，從而抑制翻譯起始。後來人們發現小於30bp的dsRNA即可有效引起基因沉默，並且不會產生非特異抑制現象，進一步研究表明抑製作用最強的是長21bp、3′端有兩個鹼基突出的siRNA。

但RNAi技術要求siRNA反義鏈與靶基因序列之間嚴格的鹼基配對，單個鹼基錯配就會大大降低沉默效應，而且siRNA還可以造成與其具同源性的其他基因沉默（也叫交叉沉默），所以在siRNA的設計中序列問題是至關重要的。要求所設計的siRNA只能與靶基因具高度同源性而盡可能少的與其他基因同源。

設計siRNA序列應注意以下幾點：①從靶基因轉錄本（mRNA）起始密碼子AUG開始，向下游尋找AA雙核苷酸序列，將此雙核苷酸序列和其下游相鄰19個核苷酸序列作為siRNA序列設計模板，有研究結果顯示GC含量在45%55%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更為有效；

②每個基因選擇45個siRNA序列，然後運用生物信息學方法進行同源性比較，例如使用BLAST（www.ncbi.nlm.nih.govBLAST），剔除與其他基因或EST序列有同源性的序列，選出一個特異性最強的siRNA進行合成；

③盡量不要以mRNA的5′端和3′端非翻譯區及起始密碼子附近序列作為設計siRNA的模板，因為這些區域有許多調節蛋白結合位點（如翻譯起始復合物），調節蛋白會與RISC競爭結合靶序列，降低siRNA的基因沉默效應。

4、如何設計有效的siRNA

1.化學合成

盡管化學合成是最貴的方法，但是卻是最方便的——研究人員幾乎不需要做什麼工作。包括Ambion和Qiagen公司都可以根據用戶要求提供高質量的化學合成siRNA。主要的缺點包括價格高，定製周期長，特別是有特殊需求的。由於價格比其他方法高，為一個基因合成3—4對siRNAs 的成本就更高了，比較常見的做法是用其他方法篩選出最有效的序列再進行化學合成。

最適用於：已經找到最有效的siRNA的情況下，需要大量siRNA進行研究

不適用於：篩選siRNA等長時間的研究，主要原因是價格因素

2.體外轉錄

通過體外轉錄的方法可以合成siRNAs，這樣的成本相對化學合成法而言比較低，是一種性價比高的篩選siRNAs的好方法。更重要的是採用這種方法能夠比化學合成法更快的得到siRNAs。以Silencer
siRNA Construction Kit為例，一旦得到DNA
Oligo模版（這個還是需要DNA合成的，不過DNA合成的成本就比較低了），只要24小時就可以，不需要等很久。這個方法的不足之處是實驗的規模受到限制，雖然一次體外轉錄合成能提供足夠做數百次轉染的siRNAs，但是反應規模和量始終有一定的限制。而且和化學合成相比，還是需要佔用研究人員相當的時間——畢竟，化學合成只需要定購就可以了。值得一提的是體外轉錄得到的siRNAs只要較低的濃度就可以達到化學合成siRNAs較高濃度得到的效果（0.5-20nM
vs. 50-100 nM per transfection ）

最適用於：篩選siRNAs，特別是需要制備多種siRNAs，化學合成的價格成為障礙時。

不適用於：實驗需要大量的，一個特定的siRNA。長期研究。

5、siRNA和shRNA的設計有何區別

siRNA和shRNA的設計有何區別
siRNA是小干擾rna；shRNA是小發卡rna,一段rna單鏈,形成莖環結構部分雙鏈的小rna
siRNA可以是天然產生也可以是人工導入的,shRNA一般都是指人工的
shRNA多是用dna載體構建,在宿主內自行轉錄成shRNA,再加工成像siRNA一樣的小RNA,目的為了模仿細胞內天然miRNA前體加工形成成熟miRNA的過程

6、siRNA跟miRNA有什麼區別嗎

二者都是被Dicer降解後，用於抑制靶mRNA轉錄、翻譯或者能夠剪切靶mRNA並促進其降解，即轉錄後水平的基因沉默。

區別有以下2點：

1、結合位點不同。

miRNA的結合位點通常位於3`UTR，而siRNA的結合位點不確定。siRNA（21~25鹼基），較少干擾RNA，在利用宿主細胞進行轉錄時，常產生一些dsRNA，或者轉座子轉錄、基因組中反向重復序列轉錄等原因產生dsRNA，然後dsRNA被Dicer降解為siRNA。

2、來源不同。

siRNA（21~25鹼基），叫小干擾RNA，病毒基因、人工轉入基因、等原因等外源性基因隨機整合到宿主細胞基因組內，利用宿主細胞進行轉錄時，常產生一些dsRNA。或者轉座子轉錄、基因組中反向重復序列轉錄等原因產生dsRNA，然後dsRNA被Dicer降解為siRNA。

(6)sirna設計網站擴展資料：

miRNA和其target是不完全互補，一般只有2-8位的鹼基是完全互補的，而siRNA是完全互補的。miRNA由高等真核生物基因組編碼，是自己轉錄出來的序列，通常用於生物自身生長調控。

siRNA的作用結果是使mRNA剪切，而miRNA有的是剪切，有的只是結合上去抑制翻譯siRNA是一對一的，一條siRNA只針對一個基因，而miRNA是一對多的，一條可以抑制很多基因。

mirna是低等和高等生物都存在的 作用在靶基因的mrna 3』utr區域，通過降解或者抑制翻譯來抑制靶基因表達，一條mirna可以有多個靶基因。

sirna主要存在於低等生物，可以作用在靶基因的mrna任何地方，通過降解來抑製表達。一般一條sirna只針對一個靶基因，可以通過人為的設計合成sirna來導入高等生物細胞中誘發抑製作用。

參考資料：網路-siRNA

參考資料：網路-miRNA

7、有誰知道合成siRNA的公司有哪些，或者向我推薦一個較好的

你這是已經設計好了，只要直接合成呢？還是想要交給公司設計呢？

8、如何快速設計shRNA

在研究基因功能中，RNAi由於可以特異地使基因沉默或表達量降低而成為生物實驗的強有力工具。其中shRNA慢病毒載體應用頗廣，今天小編告訴大家2種方法可以快速設計構建到慢病毒載體中的shRNA。

1. Sigma網站

Sigma 公司做了一個針對人和小鼠的shRNA 庫，而且部分基因的shRNA序列經過驗證,因此直接使用Sigma 公司已驗證過的RNAi 序列最為方便。

首先打開網址：http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html，以Fli1為例，直接輸入基因名，點擊search，出現以下界面：

在Procts中找到並點擊shRNA選項，然後出現這個界面：

點擊「MISSION shRNA Lentiviral Transction Particles」這一行的PRICING，這時會彈出界面展示針對目的基因的shRNA：

當出現時，恭喜你，這個基因有被sigma驗證過，下拉可以找到驗證過的shRNA，用來構建慢病毒，簡單有效，敲減效率基本上是有保證的。如果沒有驗證過的shRNA，則根據需要多選擇幾條shRNA也是一樣能篩選到有效的靶點。提示：小編傾向選擇CDS區的shRNA，3UTR基本不選，而且選擇的每一條shRNA都會在NCBI上做BLAST，確保靶點是特異性的。Blast比對後最終確認選擇下面2條FLI1基因的shRNA：

需要特別提醒，如果要構建到慢病毒載體上，合成出去的shRNA引物會根據載體有些不一樣，sigma用的是pLKO.1載體，小編常用SBI的pGreenPuro(CMV) 載體，兩端的酶切位點是BamHI/EcoRI，設計出去的引物最終是這樣的（不同shRNA替換中間紅色部分）：

Sense:
Anti-sense:

2. Life Technologies網站

Life Technologies公司有個非常實用的在線shRNA設計軟體，操作非常方便，而且設計出來的shRNA不再需要到NCBI上Blast，直接可以用的。

首先打開網站：http://rnaidesigner.lifetechnologies.com/rnaiexpress/，在Target Design Options處選中shRNA，以Fli1為例，輸入Accession number或Nucleotide sequence，其他條件不變：

下拉到底點擊RNAi Design，然後出現推薦的10條靶點序列：

根據Rank評星，選擇其中需要的（翠花一般選擇4條，不同位置各一條），點擊Design shRNA Oligos：

然後在Default Loop Sequence選擇合適的序列（翠花用的載體是pGreenPuro，不需要這個序列，就默認了，後面合成引物的時候要去掉的），在Custom Loop Sequence處輸入CTCGAG，點擊Design：

得到shRNA

提醒：合成出去的引物需要做微調，根據載體的要求，和sigma的設計一樣，需要在前後加上酶切位點的，最後大功告成。