sirna设计网站

1、知不知道有哪些在线设计siRNA的网址

发物种，基因名至[email protected]即可
On-line tools for designing RNAi probes Design tool
Reference
-->Ambion siRNA Target Finder Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Dharmacon siDesign Reynolds A, Leake D et al.
-->Clontech siRNA designer Elbashir SM, Lendeckel W et al.
-->DEQOR Henschel A, Buchholz F et al. EMBOSS SIRNA Elbashir SM, Harborth J et al. siRNA design Yiu SM, Wong PW et al. https://www.genscript.com/ssl-bin/app/rnai Wang L, Mu FY.
-->IDT siRNA design Parrish S, Fleenor J et al. Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Interagon Saetrom P.
-->siRNA at Whitehead Yuan B, Latek R et al. Invitrogen BLOCK-iT(tm)
-->T7 RNAi Oligo Designer Dudek P, Picard D. siDirect Naito Y, Yamada T et al. siSearch Chalk AM, Wahlestedt C et al.

2、什么是control siRNA

control就是对照的意思 就是对照的小干扰RNA 它没有干扰目的基因的作用,设计的时候人们一般会设计一个乱序的非特异性的干扰RNA 来做对照组 。就是指做对照用的siRNA,一般是一段随机序列,不会与DNA结合,不会影响DNA的转录,也就不会下调基因表达,一般算作阴性对照。

3、siRNA有哪些设计？

以前人们一般应用较长的dsRNA作为基因沉默的工具，但后来发现长链dsRNA特异性较差。它不仅可激活RnaseL，导致非特异性RNA降解，而且还能激活依赖于dsRNA的蛋白激酶R（protein：kinase：R，PKR），PKR可磷酸化翻译起始因子e：IF2并使其失活，从而抑制翻译起始。后来人们发现小于30bp的dsRNA即可有效引起基因沉默，并且不会产生非特异抑制现象，进一步研究表明抑制作用最强的是长21bp、3′端有两个碱基突出的siRNA。

但RNAi技术要求siRNA反义链与靶基因序列之间严格的碱基配对，单个碱基错配就会大大降低沉默效应，而且siRNA还可以造成与其具同源性的其他基因沉默（也叫交叉沉默），所以在siRNA的设计中序列问题是至关重要的。要求所设计的siRNA只能与靶基因具高度同源性而尽可能少的与其他基因同源。

设计siRNA序列应注意以下几点：①从靶基因转录本（mRNA）起始密码子AUG开始，向下游寻找AA双核苷酸序列，将此双核苷酸序列和其下游相邻19个核苷酸序列作为siRNA序列设计模板，有研究结果显示GC含量在45%55%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更为有效；

②每个基因选择45个siRNA序列，然后运用生物信息学方法进行同源性比较，例如使用BLAST（www.ncbi.nlm.nih.govBLAST），剔除与其他基因或EST序列有同源性的序列，选出一个特异性最强的siRNA进行合成；

③尽量不要以mRNA的5′端和3′端非翻译区及起始密码子附近序列作为设计siRNA的模板，因为这些区域有许多调节蛋白结合位点（如翻译起始复合物），调节蛋白会与RISC竞争结合靶序列，降低siRNA的基因沉默效应。

4、如何设计有效的siRNA

1.化学合成

尽管化学合成是最贵的方法，但是却是最方便的——研究人员几乎不需要做什么工作。包括Ambion和Qiagen公司都可以根据用户要求提供高质量的化学合成siRNA。主要的缺点包括价格高，定制周期长，特别是有特殊需求的。由于价格比其他方法高，为一个基因合成3—4对siRNAs 的成本就更高了，比较常见的做法是用其他方法筛选出最有效的序列再进行化学合成。

最适用于：已经找到最有效的siRNA的情况下，需要大量siRNA进行研究

不适用于：筛选siRNA等长时间的研究，主要原因是价格因素

2.体外转录

通过体外转录的方法可以合成siRNAs，这样的成本相对化学合成法而言比较低，是一种性价比高的筛选siRNAs的好方法。更重要的是采用这种方法能够比化学合成法更快的得到siRNAs。以Silencer
siRNA Construction Kit为例，一旦得到DNA
Oligo模版（这个还是需要DNA合成的，不过DNA合成的成本就比较低了），只要24小时就可以，不需要等很久。这个方法的不足之处是实验的规模受到限制，虽然一次体外转录合成能提供足够做数百次转染的siRNAs，但是反应规模和量始终有一定的限制。而且和化学合成相比，还是需要占用研究人员相当的时间——毕竟，化学合成只需要定购就可以了。值得一提的是体外转录得到的siRNAs只要较低的浓度就可以达到化学合成siRNAs较高浓度得到的效果（0.5-20nM
vs. 50-100 nM per transfection ）

最适用于：筛选siRNAs，特别是需要制备多种siRNAs，化学合成的价格成为障碍时。

不适用于：实验需要大量的，一个特定的siRNA。长期研究。

5、siRNA和shRNA的设计有何区别

siRNA和shRNA的设计有何区别
siRNA是小干扰rna；shRNA是小发卡rna,一段rna单链,形成茎环结构部分双链的小rna
siRNA可以是天然产生也可以是人工导入的,shRNA一般都是指人工的
shRNA多是用dna载体构建,在宿主内自行转录成shRNA,再加工成像siRNA一样的小RNA,目的为了模仿细胞内天然miRNA前体加工形成成熟miRNA的过程

6、siRNA跟miRNA有什么区别吗

二者都是被Dicer降解后，用于抑制靶mRNA转录、翻译或者能够剪切靶mRNA并促进其降解，即转录后水平的基因沉默。

区别有以下2点：

1、结合位点不同。

miRNA的结合位点通常位于3`UTR，而siRNA的结合位点不确定。siRNA（21~25碱基），较少干扰RNA，在利用宿主细胞进行转录时，常产生一些dsRNA，或者转座子转录、基因组中反向重复序列转录等原因产生dsRNA，然后dsRNA被Dicer降解为siRNA。

2、来源不同。

siRNA（21~25碱基），叫小干扰RNA，病毒基因、人工转入基因、等原因等外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内，利用宿主细胞进行转录时，常产生一些dsRNA。或者转座子转录、基因组中反向重复序列转录等原因产生dsRNA，然后dsRNA被Dicer降解为siRNA。

(6)sirna设计网站扩展资料：

miRNA和其target是不完全互补，一般只有2-8位的碱基是完全互补的，而siRNA是完全互补的。miRNA由高等真核生物基因组编码，是自己转录出来的序列，通常用于生物自身生长调控。

siRNA的作用结果是使mRNA剪切，而miRNA有的是剪切，有的只是结合上去抑制翻译siRNA是一对一的，一条siRNA只针对一个基因，而miRNA是一对多的，一条可以抑制很多基因。

mirna是低等和高等生物都存在的 作用在靶基因的mrna 3’utr区域，通过降解或者抑制翻译来抑制靶基因表达，一条mirna可以有多个靶基因。

sirna主要存在于低等生物，可以作用在靶基因的mrna任何地方，通过降解来抑制表达。一般一条sirna只针对一个靶基因，可以通过人为的设计合成sirna来导入高等生物细胞中诱发抑制作用。

参考资料：网络-siRNA

参考资料：网络-miRNA

7、有谁知道合成siRNA的公司有哪些，或者向我推荐一个较好的

你这是已经设计好了，只要直接合成呢？还是想要交给公司设计呢？

8、如何快速设计shRNA

在研究基因功能中，RNAi由于可以特异地使基因沉默或表达量降低而成为生物实验的强有力工具。其中shRNA慢病毒载体应用颇广，今天小编告诉大家2种方法可以快速设计构建到慢病毒载体中的shRNA。

1. Sigma网站

Sigma 公司做了一个针对人和小鼠的shRNA 库，而且部分基因的shRNA序列经过验证,因此直接使用Sigma 公司已验证过的RNAi 序列最为方便。

首先打开网址：http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html，以Fli1为例，直接输入基因名，点击search，出现以下界面：

在Procts中找到并点击shRNA选项，然后出现这个界面：

点击“MISSION shRNA Lentiviral Transction Particles”这一行的PRICING，这时会弹出界面展示针对目的基因的shRNA：

当出现时，恭喜你，这个基因有被sigma验证过，下拉可以找到验证过的shRNA，用来构建慢病毒，简单有效，敲减效率基本上是有保证的。如果没有验证过的shRNA，则根据需要多选择几条shRNA也是一样能筛选到有效的靶点。提示：小编倾向选择CDS区的shRNA，3UTR基本不选，而且选择的每一条shRNA都会在NCBI上做BLAST，确保靶点是特异性的。Blast比对后最终确认选择下面2条FLI1基因的shRNA：

需要特别提醒，如果要构建到慢病毒载体上，合成出去的shRNA引物会根据载体有些不一样，sigma用的是pLKO.1载体，小编常用SBI的pGreenPuro(CMV) 载体，两端的酶切位点是BamHI/EcoRI，设计出去的引物最终是这样的（不同shRNA替换中间红色部分）：

Sense:
Anti-sense:

2. Life Technologies网站

Life Technologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件，操作非常方便，而且设计出来的shRNA不再需要到NCBI上Blast，直接可以用的。

首先打开网站：http://rnaidesigner.lifetechnologies.com/rnaiexpress/，在Target Design Options处选中shRNA，以Fli1为例，输入Accession number或Nucleotide sequence，其他条件不变：

下拉到底点击RNAi Design，然后出现推荐的10条靶点序列：

根据Rank评星，选择其中需要的（翠花一般选择4条，不同位置各一条），点击Design shRNA Oligos：

然后在Default Loop Sequence选择合适的序列（翠花用的载体是pGreenPuro，不需要这个序列，就默认了，后面合成引物的时候要去掉的），在Custom Loop Sequence处输入CTCGAG，点击Design：

得到shRNA

提醒：合成出去的引物需要做微调，根据载体的要求，和sigma的设计一样，需要在前后加上酶切位点的，最后大功告成。